فشار منفی پدیده‌ای نامطلوب است که منجر به مشکلات متعددی در ساختمان می‌شود. از جمله پیامدهای مهم آن می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

• افزایش مصرف انرژی:فشار منفی باعث می‌شود هوای مطبوع داخل ساختمان سریع‌تر به بیرون رانده شود و سیستم‌های گرمایشی و سرمایشی برای جبران، بار اضافی انرژی بیشتری مصرف کنند. در یک فضای با فشار منفی، HVAC باید سخت‌تر کار کند تا دمای مطلوب حفظ شود.
• نفوذ آلاینده‌ها:هوا و آلودگی‌های بیرونی (گرد و غبار، دود، رطوبت و…) می‌توانند از طریق درزها و بازشوها وارد محیط شوند. کارشناسان هشدار می‌دهند که فشار منفی می‌تواند ذرات معلق و آلودگی خارجی را به داخل بکشد و کیفیت هوای داخل را کاهش دهد.
• ورود حشرات و آفات:اختلاف فشار شدید در هنگام باز و بسته شدن درها، حشرات را از بیرون جذب می‌کند. تحقیقات نشان داده‌اند که فشار منفی در اطراف درهای ورودی می‌تواند به ورود حشرات ریز منجر شود که به خصوص در محیط‌های بهداشتی مثل رستوران‌ها بسیار مشکل‌ساز است.